Bio-Informaticus Moleculaire Pathologie Diagnostiek

Bio-Informaticus Moleculaire Pathologie Diagnostiek bij UMCG

Reageer t/m 7 september

Voor het team Moleculaire Diagnostiek zijn wij op zoek naar een bevlogen, zelfstandige en verantwoordelijke bio-informaticus die het team kan ondersteunen met het implementeren van innovaties en bijdragen aan het maken van een efficiëntieslag. Spreekt je dit aan en wil je werken in een dynamisch en innovatief werkveld? Lees dan verder.

De toekomst van diagnostiek ligt in data. In een tijd waarin moleculaire diagnostiek een steeds grotere rol speelt in de vroegtijdige opsporing en behandeling van ziekten, is de vertaalslag van genetische data naar klinisch relevante inzichten belangrijker dan ooit. Hier komt jouw expertise als bio-informaticus in beeld. Binnen ons team werk je op het snijvlak van bioinformatica en zorg. Zo maak jij complexe biologische data begrijpelijk en bruikbaar voor klinisch moleculair biologen, pathologen en oncologen met als doel bij te dragen aan optimale zorg voor de patiënt.

Taakomschrijving

Als bio-informaticus binnen ons laboratorium ontwikkel en optimaliseer je bio-informatica-tools en -workflows voor hoogwaardige diagnostische genoomanalyses, waarbij de focus ligt op applicatie design. Je werkt als onderdeel van een team nauw samen met andere bio-informatici en daarnaast met Klinisch Moleculair Biologen in de Pathologie (KMBP), analisten en pathologen. Verder waarborg je veilige opslag en overdracht van genomische gegevens volgens geldende wet- en regelgeving. Ook draag je bij aan kennisdeling binnen het team door het geven van praktische en theoretische trainingen aan collega’s.

Wat ga je doen?

• De focus zal in eerste instantie liggen op het implementeren, valideren en koppelen van een tertiair data analyse programma welke gebaseerd is op Scout (https://github.com/Clinical-Genomics/scout).
• Je ontwikkelt, onderhoudt en valideert bioinformatica-workflows voor o.a. next generation sequence (NGS) data (DNA/RNA), inclusief kwaliteitscontrole, variant calling en annotatie.
• Je implementeert algoritmes, integreert databronnen en bouwt ondersteunende tools voor efficiënte en reproduceerbare analyse van de data.
• Je bewaakt de output van bioinformatica-analyses (secundair en tertiair), en zorgt dat deze voldoen aan de geldende diagnostische kwaliteitsnormen (ISO 15189).
• Je bent verantwoordelijk voor veilige en effectieve opslag van grootschalige genomische datasets, waarbij je zorgt voor naleving van regelgevende normen, data integriteit en beveiliging binnen klinische IT-infrastructuren.
• Je draagt bij aan kennisoverdracht door het geven van praktische en theoretische training aan collega’s binnen het laboratorium, neemt actief deel aan interdisciplinair en wetenschappelijk overleg binnen de afdeling en signaleert relevante technologische ontwikkelingen.

Werkomgeving

Het UMCG is met ruim 13.000 medewerkers de grootste werkgever van Noord-Nederland. Het UMCG is een matrixorganisatie waarbij de kerntaken patiëntenzorg, onderwijs, opleiden en onderzoek zijn ondergebracht in clusters en dwarsverbanden. De afdeling Pathologie van het UMCG speelt een centrale rol in de diagnostiek en onderzoek naar kanker en andere ziekten. Wij werken nauw samen met oncologische centra, onderzoeksinstituten en landelijke moleculaire diagnostiek netwerken. Het UMCG Laboratorium voor Moleculaire Diagnostiek is één van de grotere centra in Nederland en biedt een breed pakket aan Moleculaire Diagnostiek aan voor het UMCG en andere Pathologie laboratoria in de regio Noord-Nederland, verenigd in PathologieNoord (PN). Ons laboratorium fungeert als referentiecentrum voor hoogwaardige en innovatieve moleculaire testen en streeft naar optimale en efficiënte integratie van genomische data in de kliniek.

Wat vragen wij

• Een afgeronde hbo- of wo-opleiding in bio-informatica, (toegepaste) informatica, biotechnologie of een vergelijkbare richting.
• Ervaring met data en het opzetten of gebruiken van data-analysepijplijnen, bij voorkeur met tools als Snakemake, Nextflow of vergelijkbare workflowmanagers.
• Affiniteit met het gebruik van Docker en vaardig in programmeertalen zoals Python, R, Bash en/of SQL.
• Bekend met softwarekwaliteitsprincipes zoals versiebeheer (Git).
• Analytisch sterk, gestructureerd en in staat om zowel zelfstandig als in teamverband te werken.
• Goede sociale en communicatieve vaardigheden. Uitstekende beheersing van de Nederlandse en/of Engelse taal.
• Een flexibele en proactieve werkhouding.

Wat bieden wij

Het UMCG is een boeiende en dynamische omgeving met doorgroeimogelijkheden, mogelijkheid tot hybride werken en je maakt deel uit van een gemotiveerd team van Bio-Informatici en KMBP binnen een enthousiaste, multidisciplinaire en zeer gewaardeerde afdeling. Wij bieden je in eerste instantie een contract voor een jaar, 32-36 uur per week. Bij gebleken geschiktheid wordt de aanstelling omgezet in een vast dienstverband. Het salaris wordt bepaald aan de hand van opleiding en ervaring. Je pensioen wordt opgebouwd bij het ABP, UMCG draagt 2/3e deel van deze premie bij. Daarnaast biedt het UMCG 8% vakantietoeslag en 8,3% eindejaarsuitkering. De arbeidsvoorwaarden zijn conform de CAO Universitair Medische Centra (CAO-UMC).