Postdoc Bioinformatics at Neuro-Oncology Research Group

Wat ga je onderzoeken?

Bij de behandeling van het glioblastoom, de meest voorkomende kwaadaardige primaire hersentumor, worden goed geïnformeerde beslissingen belemmerd door een fenomeen dat bekendstaat als pseudoprogressie. Tijdens en na de behandeling kunnen nieuwe MRI-bevindingen wijzen op progressie en een sombere prognose, of op pseudoprogressie met juist een gunstigere prognose. Het is vaak moeilijk om op basis van beeldvorming ware- van pseudoprogressie te onderscheiden, wat leidt tot vertragingen in de behandeling en gevolgen heeft voor overleving en kwaliteit van leven. 'Liquid biopsies' kunnen een oplossing bieden. In de PREDICT-studie willen we ons op bloedplaatjes gebaseerde RNA-platform verder ontwikkelen tot een zeer nauwkeurige test die klaar is voor een klinische interventiestudie. Daarnaast lopen soortgelijke studies naar radionecrose / pseudoprogressie bij hersenmetastasen en zijn er al meer dan 2000 RNA samples verzameld van verschillende typen tumoren.

Wat ga je doen?

Als postdoc onderzoeker ben je betrokken bij de preprocessing en downstream analyse van RNA-seq-gegevens, gemeten bij 300 patiënten op meerdere tijdstippen. Je taken omvatten onder andere:

• Data preprocessing, RNA-seq data mapping en kwaliteitscontroles, differentiële expressie en machine learning ontwikkeling, integratie en validatie.
• Implementatie van bio-informatische normalisatie- en correctiemethodes;
• Analyse van eerder gegenereerde datasets (RNA-seq data van >2000 samples beschikbaar);
• Samenwerken met, en het begeleiden van de PhD-student die momenteel aan het project werkt;
• Publiceren van je bevindingen in toonaangevende wetenschappelijke tijdschriften;
• Participeren in het aanvragen van vervolgsubsidies.

Wat neem je mee?

We zoeken een enthousiaste gepromoveerde bioinformaticus die analytisch sterk is en ervaring heeft met RNA-seq-analyse. Specifiek beschik je over:

• Een afgeronde PhD in bioinformatica, bij voorkeur op het gebied van RNA-seq;
• Ervaring met statistiek en data science;
• Geavanceerde programmeerskills, bij voorkeur in R en linux/bash;
• Interesse in niet-invasieve testen voor monitoring van kankertherapie;
• Goede communicatieve vaardigheden en een sterke drive tot samenwerking;
• Een goede beheersing van het Engels, zowel mondeling als schriftelijk.

Wat bieden we jou?

• Een vliegende start van jouw carrière in het onderzoekswerk;
• Alle ruimte voor jouw drive om de zorg van morgen vorm te geven;
• Werken aan grootschalig én eigen onderzoek, met gemotiveerde collega’s uit alle hoeken van de wereld;
• Je treedt in dienst bij Amsterdam UMC Research BV;
• Een contract voor 28 tot 36 uur voor 12 maanden (verlenging mogelijk tot maximaal 2,5 jaar);
• Inschaling in salarisschaal Schaal 10: € 3.493 tot € 5.504 bruto per maand op basis van een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring) en een eindejaarsuitkering van 8,3%;
• Vakantie-uren: 186,4 uur per jaar bij een fulltime dienstverband en een mogelijkheid om uren bij te sparen.
• Pensioenopbouw bij BeFrank, een modern, begrijpelijk en eerlijk geprijsd pensioen;
• Bij 7 km of meer (enkele reis) 100% OV-vergoeding en bij eigen vervoer €0,18 per km tot maximaal 40 km enkele reis;
• Kom je liever lopend of op de fiets? Maak gebruik van onze goede fietsregeling. Je ontvangt een vergoeding à €0,18 per km.