Research Software Engineer Rotterdam Advanced Respiratory Care research group

Bouw mee aan de ontwikkeling van een nationale digitale infrastructuur voor de volgende generatie respiratoire wetenschap.

Functie inhoud

Raak jij enthousiast over het omzetten van complexe respiratoire data en analyses van de Intensive Care naar open, FAIR software die onderzoek naar een hoger niveau tilt? Sluit je dan aan bij de Rotterdam Advanced Respiratory Care (ROTARC) groep en help mee aan de ontwikkeling van een nationale digitale infrastructuur voor de volgende generatie respiratoire wetenschap.

Je werkt mee aan de ontwikkeling van M3Resp: een nieuw open-source FAIR platform voor multimodale monitoring van respiratoire signalen op de IC, waaronder oppervlakte-EMG (sEMG), elektrische impedantietomografie (EIT), signalen van de kunstmatige beademing en ademhalingsspierdrukken.

Dit project is een nauwe samenwerking tussen de Universiteit Twente (CRPH - Cardiovascular and Respiratory Physiology groep, sEMG expertisecentrum) en de afdeling Intensive Care van het Erasmus MC (ROTARC - Rotterdam Advanced Respiratory Care groep, EIT expertisecentrum), twee internationaal toonaangevende instituten op het gebied van respiratoir en beademingsonderzoek. Open Science NL financiert open, herbruikbare en door de community gedreven research software. Je werkt nauw samen met de Research Software Engineer van Universiteit Twente en met onderzoekers in beide instellingen om een duurzame nationale digitale onderzoeksinfrastructuur op te bouwen.

Door twee bestaande research softwarepakketten (ALIVE en ReSurfEMG) te integreren en uit te breiden, maak je uniforme data- en signaalverwerking en gebruiksvriendelijke GUI-gebaseerde analyses mogelijk voor klinisch en fysiologisch onderzoek. Je combineert softwareontwikkeling in Python, biomedische signaalverwerking en FAIR data principes en draagt bij aan een platform dat onderzoekers ondersteunt bij het begrijpen en analyseren van complexe respiratoire data.

Wat je gaat doen

• Twee bestaande research softwarepakketten (ALIVE en ReSurfEMG) integreren en uitbreiden.
• Uniforme data- en signaalverwerking mogelijk maken en gebruiksvriendelijke GUI-gebaseerde analyses ontwikkelen voor klinisch en fysiologisch onderzoek.
• Codebases samenvoegen, specifieke datacontainers implementeren en signaalverwerkingsalgoritmen optimaliseren.
• Een Dash-gebaseerde GUI bouwen en gestandaardiseerde analyse-pipelines ontwikkelen.
• Community-gerichte taken uitvoeren, zoals het ontwikkelen van documentatie, tutorials en gebruikerssupport.

Wat je meebrengt

• Sterke programmeervaardigheden (Python).
• Ervaring met time-series data.
• Interesse in biomedische signalen en open-source research software.
• Kennis van of affiniteit met FAIR data principes.