Bioinformaticus genoomdiagnostiek

Wat ga je doen?

Als bioinformaticus ben jij het eerste aanspreek punt en verantwoordelijk voor de dataverwerking van de genetische data die wordt ingezet voor de patiënten diagnostiek. Jij voert dataanalyse pipelines uit, zowel handmatig als geautomatiseerd, en levert cruciale rapportages aan lab specialisten en klinisch genetici. Daarnaast neem je deel aan innovatie & implementatie projecten om de diagnostiek van morgen te mogelijk te maken. Je ontwikkelt automatiseringsprocessen & data analyse pipelines. Daarnaast zorg je voor de hoogste kwaliteitsstandaarden door middel van documentatie, validatie, verificatie & standard operating procedures (SOP) volgens ISO 15189 en IEC-62304 norm.

Wat neem je mee?

• Een afgeronde opleiding in bioinformatica, IT of life sciences
• Ervaring met Python en kwaliteitsmanagementsystemen
• Kennis van ISO-normen en de bereidheid om te werken met Linux en High Performance Computing
• Je bent een gedreven teamspeler met passie voor patiëntdiagnostiek en innovatie

Wat bieden we jou?

• Een jaarcontract met uitzicht op een vast contract.
• Inschaling in salarisschaal 9: € 3.655 tot € 5.010 bruto bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring). Daarnaast ontvang je 8,3% eindejaarsuitkering.
• Vakantie-uren: 190,4 uur per jaar bij een fulltime dienstverband en mogelijkheid om uren bij te sparen.
• Pensioenopbouw bij het ABP, waarvan wij 70% van de premie betalen.
• Bij 7 km of meer (enkele reis) 100% OV-vergoeding en bij eigen vervoer €0,18 per km tot maximaal 40 km enkele reis.
• Kom je liever lopend of op de fiets? Maak gebruik van onze goede fietsregeling. Je ontvangt een vergoeding à €0,18 per km.
• Gratis en onbeperkt toegang tot scholingen van onder andere GoodHabitz in onze leeromgeving.
• Een actieve personeelsvereniging én Jong Amsterdam UMC vereniging, die beide leuke (sportieve) activiteiten en evenementen organiseren.

Waar ga je werken?

Je komt te werken bij het laboratorium Genoom Analyse van de afdeling Humane Genetica. Binnen dit laboratorium maak je deel uit van het bioinformatica-team, dat een sleutelrol speelt in vele, zo niet alle, innovatie- en implementatieprojecten van het lab. In de operationele setting ontvangt en verwerkt het team grote hoeveelheden Next Generation Sequencing (NGS) data. De bulk van deze data bestaat uit short read sequencing data (Illumina NovaSeq X en NextSeq series), maar ook long read sequencing data (Oxford Nanopore P2 Solo, Pacific Biosciences Revio) en optical genome mapping data (Bionano Stratys). Voor de verwerking beschikken we over een lokaal High-Performance Compute (HPC) cluster met 4000+ CPU/GPU cores.

Het bioinformatica-team fungeert als brug tussen life sciences en data science en bestaat uit een divers gezelschap van 10 medewerkers. Het team verzorgt zowel routine dataverwerking voor diagnostiek en research als het ontwikkelen van analysepipelines, informatiesystemen, HPC-infrastructuur en datamanagementdiensten. Ieder teamlid werkt aan zowel dagelijkse operaties als toegewezen innovatie- en implementatieprojecten, afhankelijk van kwalificaties en beschikbaarheid. Het team maakt onderdeel uit van het diagnostisch lab en onderhoudt korte lijnen met analisten om de labprocessen optimaal te ondersteunen. Ook maakt het team deel uit van de Core Facility Genomics, die dataprocessing, datamanagement en HPC-infrastructuur levert voor onderzoekers van het Amsterdam UMC en samenwerkingspartners.

We omarmen verschillen. Als mensen zich veilig en op hun plek voelen, floreren ze. We streven naar gelijke kansen voor iedereen. Er is ruimte voor een ieders cultuur, afkomst, ideeën en creativiteit