Student voor analyse transcriptoom data (RNAseq) i.r.t. lange-termijn uitkomsten na sepsis

Wil jij tijdens een stage, afstudeer- of thesisonderzoek uitzoeken hoe het zit met de lange termijn uitkomsten na sepsis? Vind jij het leuk om je te verdiepen in complexe data en vooral ook véél data? Wil je dit combineren met onderzoek naar een klinisch bijzonder revelante aandoening? Dan is deze (onderzoek)stage iets voor jou!

Wat ga je doen?

Je begint met een literatuuronderzoek naar de moleculaire endotypes van sepsis en het inventariseren van lange-termijn uitkomsten. Vervolgens onderzoek je met (al beschikbare) RNA sequencing data welk moleculair endotype tijdens sepsis associeert met kwaliteit van leven en sterfte op de lange termijn na sepsis. De bevindingen willen we verwerken in een artikel voor een wetenschappelijke publicatie.

Waar gaat dit onderzoek over?

Sepsis komt veel voor, is potentieel dodelijk en toch een vrij onbekende aandoening. Ongeveer één op de vijftig ziekenhuisopnames is vanwege sepsis. Daarbij komt ongeveer één op de vijf van de patiënten te overlijden in het ziekenhuis. Patiënten die sepsis overleven krijgen vaak te maken met blijvende fysieke en mentale klachten, een grotere kans op hart- en vaatziekten en een hogere kans hieraan te overlijden. Wat deze lange termijn gevolgen precies veroorzaakt is nog onbekend en moeilijk te achterhalen.

Er komt steeds meer aandacht voor het indelen van patiënten op basis van genexpressiepatronen tijdens sepsis via transcriptoomanalyse. We bepalen hiermee de complete set van RNA-transcripten en op basis daarvan kunnen we patiënten in verschillende genexpressieprofielen (moleculaire endotypes) indelen. De verschillende moleculaire endotypes zijn geassocieerd met een verschillend risico op IC-opname of overlijden tijdens sepsis. Het is echter niet bekend of deze moleculaire endotypes ook associëren met de uitkomsten op lange termijn, na ontslag uit het ziekenhuis.

We willen daarom RNA sequencing/transcriptoomdata van sepsispatiënten analyseren, met als doel:

• inzicht krijgen in het genexpressieprofiel van ons cohort van patiënten met sepsis
• inzicht krijgen in de rol van de verschillende genexpressieprofielen op de lange-termijnmortaliteit
• koppelen van deze genexpressieprofielen met kwaliteit van leven voor en na sepsis

Wat vragen wij?

• Een WO-Master zoals bio-informatica, medische of moleculaire biologie
• Je kan omgaan met SPSS en R of bent bereid je hierin te verdiepen
• Je beschikt over goede sociale en communicatieve vaardigheden die je naar gelang het contact op een correcte wijze gebruikt
• Je bent creatief en hebt frisse ideeën, ook binnen gestelde kaders
• Je beschikt over goede schriftelijke vaardigheden
• Je bent ambitieus en wilt graag nieuwe dingen leren

Wat bieden wij?

• Stageovereenkomst met het UMCG
• Goede begeleiding in het UMCG
• Inbedding het acute wetenschappelijke onderzoek
• Wetenschappelijke werkomgeving

Goed om te weten: in overleg kun je deels vanuit huis werken.